Сразу после включения компьютера выполняется программа загрузчика операционной системы, проверяющая наличие файлов операционной системы на активном диске компьютера. Управление передается файлу IO.SYS. Процессом дальнейшей загрузки управляет модуль SYSINIT.

Загружается модуль ядра операционной системы MSDOS.SYS.

При использовании программы динамического сжатия дисковых данных Microsoft DriveSpace, входящей в —MSDOS 6.22 (в версиях MS—DOS 6.0 и 6.2 — DoubleSpace), загружается также модуль DRVSPACE.BIN (DBLSPACE.BIN).

После загрузки ядра MS—DOS модуль SYSINIT выполняет команды текстового файла CONFIG.SYS, находящегося в корневом каталоге системного диска.

Команды файла CONFIG.SYS определяют режимы работы MS—DOS и загружают драйверы устройств и резидентные программы. Если в зависимости от потребностей пользователя предполагается выполнение программ, требующих загрузки взаимоисключающих или несовместимых драйверов и резидентных программ, наличия различной конфигурации оборудования, можно организовать «интерактивное конфигурирование DOS» (вариантную загрузку). На дисплее отображается меню загрузки, пункты которого должны быть указаны командами MENUITEM в разделе [menu] файла CONFIG.SYS. После выбора пункта меню выполняются команды, находящиеся в секции с именем, определенным соответствующей командой MENUITEM, команды, находящиеся в секции [common] и в начале файла CONFIG.SYS.

Затем SYSINIT вызывает командный процессор.

Процесс загрузки завершается выполнением команд файла AUTOEXEC.BAT. Выполнение программ и установка переменных окружения, определяемых в файле AUTOEXEC.BAT, также может быть вариантным, синхронизованным с меню CONFIG.SYS. Если файла AUTOEXEC.BAT нет в корневом каталоге системного диска, загрузка заканчивается выводом стандартного сообщения MS—DOS: